Sankareidemme ja Meowthin saapuessa Nimbasa Cityyn, Jessie ja James valmistautuvat aloittamaan suunnitelmansa Tri Zagerin johdolla. Nimbasa Cityn hienossa pokémonkeskuksessa ollessaan, Meowth vakuuttaa sankarimme siitä, että kaikki heidän pokémoninsa tarvitsevat hierontaa, joka tapahtuu suojatussa Pokémonkeskuksen holvissa. Pian käy ilmi, että Meowth on edelleen osa rakettiryhmää, eikä sankareidemme kanssa matkustaminen ole ollut muuta kuin Meowthin juoni, jonka avulla se pääsee holviin varastamaan siellä olevia pokémoneja!
Sillä välin Nimbasa Cityn metropomot, Ingo ja Emmet tutkivat salaperäistä haamujunaa, joka on nähty useasti metroliikenteen seassa. Tri Zagerin ja rakettiryhmä aikaansaamat tapahtumat suistavat koko Nimbasa Cityn kaaokseen! Cilan saa kuitenkin yhdistettyä tapahtumaa toisiinsa: haamujunan, pokémonkeskuksen kadonneet poképallot, Nimbasa Cityn nostosillan jumiutumisen… Kaikki kuuluu rakettiryhmän suunnitelmaan varastaa suunnaton määrä pokémoneja, mukaan lukien sankareidemme pokémonit!
Cilan, Ash ja Iris lähtevät ajamaan haamujuna takaa käyttäen löytämäänsä postivaunua, mutta lukuisat haamujuna harhautukset jättävät sankarimme, sekä Ingon ja Emmetin ymmälleen! Saadaanko pokémonit pelastettua ja voidaanko Nimbasa Cityn tuhoutuminen estää?!
