Program stacjonarnych studiów II stopnia na kierunku Biologia jest dostosowany do wytycznych zawartych w Rozporządzeniach Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 29 września 2011 roku (w sprawie warunków prowadzenia studiów) oraz z dnia 2 listopada 2011 roku (w sprawie Krajowych Ram Kwalifikacji).

Program ten jest ukierunkowany na pogłębianie wiedzy i umiejętności zdobytych podczas studiów I stopnia, z tym że dotyczą one węższego obszaru, tj. specjalności. W tym celu ponad 50% zajęć stanowią pracownie (specjalnościowe i magisterska), na których studenci stają się członkami zespołu badawczego i pod kierunkiem opiekuna realizują projekt badawczy stanowiący podstawę ich pracy dyplomowej. Obecnie Studenci mogą wykonywać prace magisterskie w Katedrach Wydziału Biologii w następujących specjalnościach: biologia medyczna; biologia molekularna; biotechnologia roślin, grzybów i porostów; embriologia i cytologia roślin; ekologia roślin i ochrona przyrody; ekologia zwierząt; genetyka ewolucyjna; hydrobiologia; mikrobiologia; neurofizjologia; taksonomia i filogeografia; toksykologia środowiska wodnego; paleoekologia i archeobotanika oraz parazytologia (http://biology.ug.edu.pl/studenci/studia_i_i_ii_stopnia/programy_plany_s...). Studenci dokonują wyboru Katedry z zaznaczeniem preferowanej specjalności (w formie pisemnej deklaracji) w momencie rekrutacji na studia. Uzupełnieniem prac laboratoryjnych lub terenowych są seminaria (120 godzin), na których Studenci doskonalą się w krytycznym wyborze i studiowaniu specjalistycznej literatury naukowej, prezentowaniu wyników badań uznanych autorytetów z danej dziedziny, a następnie założeń i wyników własnej pracy magisterskiej oraz biorą udział w dyskusjach naukowych. Wsparciem teoretycznym studiowanej dziedziny są wykłady, z których większość jest wybierana przez Studenta. Są to 4 wykłady kierunkowe (120 godzin z puli 13 wykładów), które dotyczą zagadnień wspólnych dla kilku specjalności oraz 120 godzin wykładów specjalnościowych (katalog przedmiotów do wyboru jest ogłaszany przed rozpoczęciem kolejnego semestru). Dodatkowo, Studenci kontynuują naukę języka obcego (30 godzin, zakończonych certyfikatem znajomości języka na poziomie B2+) oraz mają zajęcia z bioetyki, własności intelektualnej oraz przedsiębiorczości (razem 45 godzin). Od roku akademickiego 2015-2016 w programie studiów są dodatkowo zajęcia z wychowania fizycznego (30 godzin) oraz  zajęcia na innym kierunku studiów (30 godzin), które Studenci sami wybierają.

Warunkiem ukończenia studiów i uzyskania tytułu zawodowego magistra jest:

• Osiągnięcie wszystkich efektów kształcenia założonych dla kierunku BIOLOGIA studiów II stopnia
• zdobycie w każdym roku akademickim 60 punktów kredytowych ECTS (w sumie 120)
• przygotowanie pisemnej pracy magisterskiej i jej obrona w trakcie egzaminu dyplomowego

Studia II stopnia kończą się egzaminem dyplomowym, przeprowadzanym w formie ustnej. Ocena na dyplomie uwzględnia średnią ocen w trakcie studiów, ocenę egzaminu końcowego, ocenę pracy magisterskiej i liczona jest zgodnie z zasadami przedstawionymi w Regulaminie studiów Uniwersytetu Gdańskiego (http://biology.ug.edu.pl/studenci/informacje_ogolne/regulamin_studiow_na_ug)

Studenci studiów II stopnia na kierunku Biologia mogą, poza podstawowym programem studiów, wziąć udział w kursie przygotowującym do wykonywania zawodu nauczyciela (450 godzin, 26 punktów ECTS).