Наказом заступника народного комісара СРСР від 8 серпня 1944 року №1163 в Одесі створено 255-й полк НКВС СРСР.
27 квітня 1967 року, наказом МОГП СРСР № 0178 формується 276-й загін конвойної охорони МОГП СРСР (в/ч 6689), який в 2004 році введено в склад управління внутрішніх військ внутрішньої і конвойної охорони МОГП СРСР по Українській РСР.
30 вересня 1966 року в Одесі на базі спеціального моторизованого батальйону міліції МОГП СРСР сформовано в/ч 3012, яка у 1986 році увійшла в 17-ту окрему конвойну бригаду.
30 квітня 1986 року 255-й полк реорганізовано в 17-ту окрему конвойну бригаду (в/ч 3003).
1990 року до складу бригади введено окремий спеціальний моторизований батальйон міліції внутрішніх військ СРСР (в/ч 5510), сформований у м. Миколаїв, та окремий спеціальний моторизований батальйон міліції внутрішніх військ СРСР (в/ч 5511), який сформовано у м. Херсон. 2 Січня 1992 року Миколаївський батальйон міліції реорганізовано в окремий батальйон Національної гвардії України (в/ч 7411), а 20 листопада 1995 року Указом Президента України №71/95 частину повернено до складу ВВ МВС України та реорганізовано в спеціальний моторизований батальйон міліції (в/ч 3056).
У грудні 2000 року на базі 17-ї окремої конвойної бригади створено Південне територіальне командування внутрішніх військ МВС України з дислокацією в м. Одесі.
В 2003 році управління Південного територіального командування реорганізовано в 3-тю окрему бригаду внутрішніх військ МВС України.
У грудні 2004 року на базі бригади створено Південне територіальне командування ВВ МВС України.
До складу управління увійшли військові частини: 3012 (м. Одеса), 3039 (м. Миколаїв), 3056 (м. Херсон), 3008 (м. Вінниця). В 2011 році в м. Одесі сформована військова частина 3014.
У 2012 році у зв’язку із реформуванням територіального командування до його складу ввійшли військові частини 3033, 3026 та 3029 (м. Запоріжжя). Військова частина 3008 (м. Вінниця) була виведена із підпорядкування та передана до управління Західного ТрК.
За роки існування Південного територіального командування військовослужбовці внутрішніх військ з честю виконали свій інтернаціональний обов’язок в Демократичній республіці Афганістан, брали участь у вирішенні міжнаціональних конфліктів в Закавказзі, у ліквідації наслідків аварії на Чорнобильській АЕС, охороняли закон та правопорядок у Вірменії, надавали допомогу в ліквідації наслідків землетрусу в Спітаку 1988 року; взяли участь у вирішенні національного конфлікту в Абхазії; приймали участь в операції з прикриття державного кордону з республікою Молдова в населених пунктах Одеської обл., виконували завдання в складі миротворчих підрозділів МВС України в Югославії.
