Se levanta en la Plaza de San José, situada junto a la Alcazaba árabe. En este ámbito se construyó la antigua Ermita de San José, que dio su nombre al lugar. La gran importancia de este santo en Badajoz viene determinada por haber sido durante siglos el "Patrón" de la ciudad al conmemorarse en su onomástica la conquista de Badajoz por Alfonso IX de León, acaecida el 19 de marzo de 1230.

En la Cofradía de San José (1550) aparecen artistas tan importantes como Jerónimo de Valencia y Hans de Bruselas. El actual Convento de San José se levantó en 1917 rodeando la capilla de la primitiva ermita. Su construcción se debe al destacado ingeniero Francisco Franco Pineda y está realizado en estilo neo-gótico. El interior de la iglesia sigue estando presidido por la antigua imagen del santo que se encuentra, junto a otras imágenes, en el retablo barroco del altar mayor.