Im Dezember 1961 schrieb Landesdirektor a.D. Dr. Friedrich Stöffler aus Wiesbaden die Geschichte  des Klosters nach alten Quellen auf. Im Folgenden referiere ich zunächst aus seinem Aufsatz im „Rheingau-Heimatbrief“ von 1961.
Die Anfänge des Klosters sind nicht ganz geklärt. Ein Mainzer Dienstmann, Embricho von Steinheim, schenkte dem Kloster Seibold ein Gut zu Rode (bei Martinsthal). Abt Eberhard von Seibold bat den Erzbischof Heinrich von Mainz, Schwestern seines Ordens nach Rode schicken zu dürfen, und erhielt durch Urkunde des Erzbischofs aus dem Jahre 1151 die erbetene Genehmigung. So entstand in Rode ein Kloster. Nicht viel später wird auch das Nonnenkloster Tiefenthal genannt, da um das Vermächtnis des Ritters Embricho von Steinheim, der seine Liegenschaften je zur Hälfte den Klöstern Eberbach und Tiefenthal vermacht hatte, mit den Seitenverwandten Embrichos ein schwieriger Prozess geführt werden mußte. Im Wesentlichen gewann das Kloster den Streit. Es ist nicht ganz nachvollziehbar, ob die Nonnen von Rode die wenigen hundert Meter nach Tiefenthal verzogen, oder ob es tatsächlich zwei voneinander unabhängige Klostergründungen auf dem Gebiet der kleinen heutigen Gemeinde Martinsthal bei Eltville waren.
Im 13. Jahrhundert erfahren wir, dass um 1237 eine Art Neugründung sich vollzog, indem das Tiefenthaler Prämonstratenserinnenkloster geschlossen zur Regel des Zisterzienserinnenordens übertrat. Nachweislich ist das 1242 vollzogen, denn da wird Tiefenthal dem Abt von Eberbach unterstellt; er ist Visitator des Ordens auch bei den Nonnen.
Bei alledem scheint eine Beziehung zur heiligen Elisabeth von Thüringen eine besondere Rolle gespielt zu haben. Der Überlieferung nach weilte sie eine kurze Zeit in Tiefenthal. Ihr Mantel oder Bußkleid wurde im Kloster aufbewahrt und verehrt. So hieß das Kloster, das anfangs auch Marienthal genannt wurde, in den Jahren 1237 und 1238 auch Elisabethenthal. Dazu später noch Näheres.
Von Interesse ist auch, dass im 12. Jahrhundert Erzbischof Arnold von Mainz die Kirche zu Eltville dem Kloster Tiefenthal schenkte, und dass der zwischen dem Petersstift in Mainz und dem Kloster Tiefenthal darüber entstandene Streit 1183 zugunsten des Petersstiftes entschieden wurde. Besser ging ein Gesuch vom 28.7.1280 aus. Da trat das Kloster an den Grafen Adolf von Nassau, den späteren deutschen König, und an seine Gemahlin Imagina den Klosterhof „zum neuen Hof“ bei Wehen (heute Taunusstein) ab und wurde dafür hinsichtlich seiner Klosterbesitzungen in Wiesbaden von jeglicher Steuer und Schatzung befreit. Außer dem Anteil an dem Patronatsrecht an der Pfarrkirche zu Wiesbaden und ausgedehntem Grundbesitz gehörte dem Kloster die Liebfrauenkapelle in Wiesbaden „auf dem Sande“, in der heutigen Mühlgasse.
1245 gewährte Papst Innozenz IV. dem Kloster alle seine Freiheiten und Besitzungen und bestätigte sie. 1311 wurde allen, die zum Bau der baufällig gewordenen Klostergebäude beitrugen, ein Ablass gewährt. Von 1547 wird ein verheerender Brandschaden berichtet, das Kloster jedoch später ganz neu aufgebaut. Das Siegel des Kloster zeigte die Muttergottes, die mit ihrer Rechten das faltenreiche Gewand auf der Brust zusammenhält und in der Linken eine Buchrolle hält; neben ihr steht ein Kind mit erhobenen Armen. Nach Auskunft von Heraldikern ist das ein Zeichen, dass die Nonnen die weibliche Jugend unterrichteten.

Die Lasten der Kriege trafen auch das Kloster hart. 1645 wurde es von bayrischen Reitern geplündert, 1695 erhielt es einen Kaiserlichen Schutzbrief. Gleichzeitig forderte Kurmainz das Kloster zur Zahlung der Türkensteuer auf, das wiederholte sich 1738. Dazwischen war es der Dreißigjährige Krieg mit den Angriffen der Schweden, die das Kloster ebenfalls plünderten und brandschatzten. Auch in den Napoleonischen Kriegen mussten die Schwestern mehrfach das Kloster verlassen, so 1793, 1796 und 1797. Sie kehrten aber immer wieder zurück.
Von den Äbtissinnen des Klosters sind urkundlich eine große Zahl bekannt. Am wichtigsten ist wohl Jutta von Dorndorf (1237 bis 1242). Äbtissin Jutta gilt als Gründerin – bezogen auf die Abtei der Zisterzienserinnen. Namentlich sind weitere zwanzig, meist adelige Frauen bekannt.