Ai sensi del Decreto legislativo 25 luglio 2006 n. 250, le competenze amministrative statali relative al Conservatorio di Musica "F.A.Bonporti", sono state delegate alla Provincia autonoma di Trento. La Provincia, d'intesa con il Ministero dell'università e della ricerca, adotta gli atti di programmazione che prevedono la trasformazione dei Conservatori in Istituti superiori degli studi musicali nonché l'istituzione di nuovi organismi di alta formazione artistica, musicale e coreutica, verifica l'adeguatezza delle risorse finanziarie, di docenza, di locali, di attrezzature e strumentazioni in conformità ai criteri stabiliti dal Comitato per la valutazione del sistema universitario. Ai sensi dell'articolo 17 dello Statuto speciale per il Trentino Alto Adige la Provincia autonoma di Trento può inoltre emanare norme legislative per il finanziamento e l'edilizia di tali istituzioni.
Il Decreto prevede anche che il Conservatorio possa conferire contratti a tempo determinato a docenti e ricercatori stranieri, al fine di garantire le attività formative e l'indirizzo internazionale dell'offerta didattica.
Ai sensi dell'art. 1 bis della Legge provinciale 2 novembre 1993 la Provincia provvede all'attuazione del Decreto legislativo secondo quanto previsto degli artt. 6 bis e 6 ter della stessa legge. In particolare, l'art. 6 ter prevede che la Provincia possa stipulare accordi di programma con il Conservatorio di musica F.A.Bonporti per il finanziamento dell'attività didattica, di produzione artistica e di ricerca in ambito musicale nonché per l'edilizia.
Il Servizio Università e ricerca scientifica è incaricato di svolgere le funzioni precedentemente svolte dalla Direzione alta formazione artistica e coreutica del Ministero dell'Università e della Ricerca.
