Der Verband wird von der Mitgliederversammlung und einem elfköpfigen Vorstand geleitet.

Präses ist seit 1. September 2009 Dr. Michael Diener, Kassel. Er hat die Nachfolge von Dr. Christoph Morgner angetreten, der dieses Amt 20 Jahre innehatte. Sein Stellvertreter ist Thomas Hohnecker, Inspektor des Verbandes der Gemein- schaften in der Landeskirche in Schleswig-Holstein, Bünsdorf. Als General- sekretär amtiert seit 1991 Prediger Theo Schneider, der dieses Amt bereits seit 1987 im Gnadauer Verband (West) ausübte.
 

Dem gemeinsamen Gespräch und der Klärung anstehender Fragen dienen besonders die Mitgliederversammlungen, die zweimal im Jahr stattfinden, wobei die erste Tagung fast eine Woche dauert. Bei den Mitgliederversammlungen sind die Verbände und Werke durch ihre leitenden Mitarbeiter vertreten.


Einen besonderen Stellenwert haben seit vielen Jahren die Gnadauer Kongresse. So fand z. B. 2001 in Marburg ein Kongress für evangelische Kinder- und Jungschararbeit „Fit für Kids“ mit vielen guten Impulsen für die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in diesem Bereich statt. 2003 veranstaltete der Gnadauer Verband in Gunzenhausen den Kongress „beziehungsweise“ für evangelische Lebensgestaltung. Das letzte große Ereignis dieser Art fand 2007, ebenfalls in Gunzenhausen, statt. Es war ein Kongress für hauptamtliche Mitarbeiter in Verkündigung und Diakonie im Gnadauer Raum.
 

In unregelmäßigen Abständen beruft der Vorstand mehrtägige Fachtagungen ein, bei denen in einem kleineren Kreis grundsätzlich theologische und praktischen Fragen ausgiebig bedacht werden.
 

In einer Reihe von Arbeitskreisen treffen sich fachkundige Vertreter der Mitgliederverbände und Werke und arbeiten dem Gnadauer Vorstand bzw. der Mitgliederversammlung zu. Gegenwärtig bestehen folgende Arbeitskreise:

• Gnadauer Theologischer Arbeitskreis,
• Gnadauer Pädagogischer Arbeitskreis,
• Gnadauer Arbeitskreis für Evangelisation,
• Gnadauer Jugendforum,
• Gnadauer Kinderarbeits-Kreis,
• Gnadauer Frauenarbeitskreis,
• Gnadauer Arbeitskreis für Gemeindebaufbau/
   Gemeinschaftspflege,
• Gnadauer Arbeitskreis für Äußere Mission,
• Gnadauer Arbeitskreis für Diakonie,
• Gnadauer Arbeitskreis für Ausbildungsfragen,
• Redaktionskreis "WIR-gemeinsam unterwegs",
• Gnadauer Arbeitskreis für Musik,
• Gnadauer Arbeitskreis Seelsorge
• Gnadauer Arbeitskreis 55+