Gründer der Gesellschaft für mittelrheinischen Kirchengeschichte war der Heidelberger Universitätsprofessor Dr. Joseph Ahlhaus (1886-1952), der schon 1944 den Plan zu einer kirchenhistorischen Zeitschrift hegte, um Publikationsmöglichkeiten für seine Schüler zu schaffen. Er versicherte sich der Mitarbeit der mittelrheinischen Bistümer Mainz, Speyer und Limburg und schließlich auch Triers, um eine tragfähige Grundlage für die neue Zeitschrift zu gewinnen. Die Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte wurde zunächst als wissenschaftliche Kommission organisiert, der Ahlhaus als Präsident vorsaß. Sein Nachfolger, Prof. Dr. Theodor Schieffer (1952-1955), wandelte sie in einen überregionalen Geschichtsverein um. Nach seinem Weggang an die Universität Köln übernahm sein Nachfolger im Mainzer Ordinariat, Prof. Dr. Eugen Ewig, von 1955-1965 die Nachfolge als Präsident. Ihm folgte der Leiter des Staatsarchivs Koblenz, Dr. Otto Graf von Looz-Corswarem, 1965-1973. Sein Amtsnachfolger, Prof. Dr. Franz-Josef Heyen, war 1973 bis 1989 Präsident. Ihm folgte 1989 bis 2001 der Mannheimer Rechtshistoriker Prof. Dr. Pirmin Spieß. Im Herbst 2001 übernahm der Historiker Prof. Dr. Franz Staab, Landau, die Präsidentschaft, die er bis zu seinem Tode am 26. 4. 2004 innehatte.  Zu seinem Nachfolger wurde im November  2006 Prof. Dr. Peter Walter, Freiburg gewählt.
1987 wurde das Bistum Fulda als Mitglied der Gesellschaft aufgenommen, seit 1999 ist auch das Bistum Erfurt (beratend) im Verwaltungsrat vertreten.
Die Gesellschaft vergibt seit 1980 auf ihren Jahrestagungen eine Plakette zur Auszeichnung von Persönlichkeiten, die sich um sie Verdienste erworben haben. Bisher wurden folgende Personen geehrt:
1980 Mainz:
        Pfarrer Hans Becker, Limburg
        Prof. Dr. Anton Philipp Brück, Mainz
        Prof. Dr. Eugen Ewig, Bonn
        Prof. Dr. Hans Knies, Mainz
        Abbé Georges Knittel, Straßburg
        Prof. Dr. Wolfgang Müller, Freiburg
        Prof. Dr. Theodor Schieffer, Bad Godesberg
        Prälat Dr. Alois Thomas, Trier
        Dompropst Prälat Dr. Philipp Weindel, Speyer
1981 Bitburg:
        Domdekan Bruno Thiebes, Speyer
        Prof. Dr. Hans Wolter SJ, Frankfurt am Main
1982 Frankfurt:
        Schwester Adelgundis Führkötter OSB, Eibingen
        Biblotheksdirektor Dr. Franz Rudolf Reichert, Trier
1983 Worms:
        Bibliothekar Alfons Kloos, Speyer
        Prof. Dr. Ferdinand Pauly, Trier
1984 Homburg:
         Heinzdieter Schleupner, Bad Soden
1985 Wiesbaden-Naurod:
        Weihbischof Walter Kampe, Limburg
1986 Trier:
        Domdekan Dr. Hermann Berg, Mainz
1987 Fritzlar:
        Pater Dr. Petrus Becker OSB, St. Matthias Trier
1988 Ludwigshafen:
        Archivdirektorin Dr. Theresia Zimmer, Koblenz
        Archivdirektor Dr. Anton Ludwig Doll, Speyer
1989 Fulda:
        Domkapitular Prof. Dr. Josef Leinweber, Fulda
1990 Koblenz:
        Ltd. Archivdirektor Prof. Dr. Franz-Josef Heyen, Koblenz
1991 Hadamar:
        Dr. Walter Michel, Hadamar
1992 Aschaffenburg:
        Prof. Dr. Isnard Wilhelm Frank OP, Worms
1993 Maria Rosenberg:
        Archivoberrat Dr. Johannes Mötsch, Koblenz
1994 Bad Soden:
        Weihbischof Johannes Kapp, Fulda
1995 Wallerfangen:
        Weihbischof Dr. Alfred Kleinermeilert, Trier
1996 Frankfurt:
        Programmdirektor ZDF Alois Schardt, Frankfurt am Main
1997 Mainz:
        Kardinal Milslav Vlk, Prag
        Weihbischof Dr. Franziskus Eisenbach, Mainz
        Prof. Dr. Friedhelm Jürgensmeier MSF, Mainz
1998 Speyer:
        Archivdirektor i. K. Dr. Hans Ammerich, Speyer
1999 Hofgeismar:
        Prof. Dr. Gangolf Schrimpf, Künzell
        Bibliotheksdirektor i.K. Dr. Berthold Jäger, Fulda
2000 Trier:
        Bischof Dr. Hermann Josef Spital, Trier
2001 Limburg:
        Generaloberin Sr. Dr. M. Germaine Hustedde ADJC, Virginia
        Archivdirektor i.R. Dr. Herman H. Schwedt, Limburg
2002 Heppenheim a. d. Bergstraße:
        Prof. Dr. Pirmin Spieß, Mannheim
2003 Waldfischbach-Burgalben:
         Pfarrer Alfons Gebhart, Jockgrim
2004 Fulda:
        Dr. Wolfgang Hamberger, Fulda
2006 Bad Wimpfen:
          Weihbischof Gerhard Pieschl, Limburg
          Domkapitular em. Ernst Kalb, Mainz
2008 Johannisberg
         Prof. Dr. Klaus Schatz SJ, St. Georgen

(zur Geschichte vgl.  Martina KNICHEL, Die Gesellschaft für mittelrheinische Kirchengeschichte. Geschichte ihres 50jährigen Bestehens. (Quellen und Abhandlungen zur mittelrheinischen Kirchengeschichte 85) Mainz 1998)